Η Μαρία Φαραντούρη γεννήθηκε στην Νέα Ιωνία της Αθήνας το 1947 αλλά κατάγεται από την περιοχή της Σάμης. Άρχισε να ασχολείται με το τραγούδι σε νεαρή ηλικία και όταν ήταν 16 ετών ο Μίκης Θεοδωράκης την άκουσε να τραγουδά ένα δικό του τραγούδι, τον «Καημό» με την υπέροχη κοντράλτο φωνή της. Αμέσως κατάλαβε ότι χρειαζόταν αυτήν την φωνή. Έτσι, η Μαρία Φαραντούρη τραγούδησε τους μεγάλους Έλληνες ποιητές Ελύτη, Σεφέρη, Κάλβο κ.α. φέρνοντάς τους κοντά στο πλατύ ελληνικό κοινό. Όταν όμως το 1967 εγκαθιδρύθηκε η χούντα, τα τραγούδια του Μίκη απαγορεύτηκαν και η Μαρία πήγε στο Παρίσι σε ηλικία 19 ετών και συνεχίζοντας να παίζει με δικούς της μουσικούς τα τραγούδια του, έγινε ένα από τα σύμβολα του αντιδικτατορικού αγώνα. Όταν έπεσε η χούντα, ο Μίκης και η Μαρία έδωσαν μια μεγαλειώδη συναυλία, παρουσιάζοντας το Canto General σε ποίηση Pablo Neruda.
Από το 1976, η Φαραντούρη διευρύνει το ρεπερτόριό της, πρώτα με τα "Τραγούδια Διαμαρτυρίας απ' όλον τον κόσμο", και στη συνέχεια με τα «Νέγρικα» του αξέχαστου Μάνου Λοΐζου και με την Ελένη Καραΐνδρου σε ποίηση Bertold Brecht.
Η φήμη της έχει εξαπλωθεί ήδη πέρα από τα σύνορα της χώρας, όταν το 1976 ο Μάνος Χατζιδάκις της ζητά να συμμετέχει στον δίσκο του «Παράλογα». Η συνεργασία με τον Χατζιδάκι θα συνεχιστεί και σε άλλους 3 δίσκους στα επόμενα 10 χρόνια.
Το 1982 η Φαραντούρη άρχισε να συνεργάζεται με τον Τούρκο συνθέτη Zulfui Livanelli, με τον οποίο έδωσαν μαζί συναυλίες για πάρα πολλά χρόνια. Οι διεθνείς της συνεργασίες όμως δεν σταματούν εδώ. Το 1987 άρχισε να συνεργάζεται με τον Κουβανό συνθέτη Leo Brower με τον οποίο εξέδωσαν τον δίσκο "17 Τραγούδια", όπου ο Brower της ενορχήστρωσε Lucio Dalla, Nicola Piovanni, Kurt Weil, Βαγγέλη Παπαθανασίου, κ.α. Το 1995 ηχογράφησε έναν δίσκο σε μουσική Lucio Dalla με ελληνικό στίχο. Επίσης, συνεργάστηκε με πολλές σημαντικές ορχήστρες από όλον τον κόσμο.
Κατά τη δεκαετία του 1990 ανανεώνει την συνεργασία της με τον Μίκη Θεοδωράκη και αρχίζει να συνεργάζεται με νεότερους Έλληνες συνθέτες, όπως τον Περικλή Κούκο.
Η Μαρία Φαραντούρη διετέλεσε επίσης βουλευτής επικρατείας το 1990-1993. Είναι παντρεμένη με τον πολιτικό και ποιητή Τηλέμαχο Χυτήρη με τον οποίο έχουν ένα γιο, τον Στέφανο.
Η Φαραντούρη έχει χαρακτηριστεί ως η Joan Baez της Μεσογείου, ως σύμβολο Ελευθερίας και Ελπίδας, ως ενσάρκωση της θεάς Ήρας και της Ελλάδας καθεαυτής. Ο συνδυασμός μοναδικής φωνής, εκφραστικής ερμηνείας, εξαιρετικών επιλογών, ανθρώπινου ήθους και σοβαρότητας την έχει καταστήσει μια από τις μεγαλύτερες ερμηνεύτριες όχι μόνο στην Ελλάδα, αλλά παγκοσμίως.